Winmostar 計算メニュー

MOPAC Setup

MOPACの計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードのリストのデフォルトを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

Hamiltonian 使用するハミルトニアンを指定します。
　AM1 　　MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
　PM3 　　MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
　RM1 　　MOPAC 2007
　AM1 EXTERNAL=RM1.rm1 　　MOPAC 7.1, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
　PM5 　　MOPAC 2002, MOPAC 2006
　PM6 　　MOPAC 2007
　MINDO/3 　　MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006
　MNDO 　　MOPAC 6, MOPAC 7, MOPAC 93, MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
　MNDO-d 　　MOPAC 97, MOPAC 2000, MOPAC 2002, MOPAC 2006, MOPAC 2007
Method 計算方法を指定します。
　EF 　　EF (Eigen Vector Following)法による構造最適化計算を行います。
　TS 　　遷移状態を求めます。
　FORCE 　　振動解析を行います。
　1SCF 　　1回だけSCF計算を行います。（構造最適化を行いません。）
　IRC 　　固有反応座標計算を行います。エネルギーは保存されません。
　IRC=1 　　1番目の基準振動の逆方向を指定して固有反応座標計算を行います。
　IRC=-1 　　1番目の基準振動の正方向を指定して固有反応座標計算を行います。
Charge 電荷の値を指定します。
Multiplicity 多重度を指定します。
OPEN 開殻計算における電子数と軌道数を指定します。
MM MMOK: CONH結合に分子力学補正を加えます。 NOMM: CONH結合に分子力学補正を加えません。
GNORM エネルギー勾配ノルムの閾値を指定します。
LARGE 指定したサイクルごとに情報を出力します。
GRAPH 分子軌道をグラフィックス表示するためのファイルを作成します。（GPAGH/GRAPHF)
EXTERNAL ディスク上のパラメータ・ファイルを読み込みます。
STEP 反応座標計算におけるきざみ幅
POINT 反応座標計算における計算点数
STEP1/2 グリッド計算におけるきざみ幅
POINT1/2 グリッド計算における計算点数
BONDS 最終の結合次数行列を出力します。
ENPART エネルギーを1中心および2中心項に分解するエネルギー分割を指定します。
ESP 静電ポテンシャルを計算します。
EXCITED 一重項第一励起状態を最適化する
GEO-OK 原子が異常に近接している場合のチェックを無視する
NOINTER 原子間距離を出力しません。
OLDFPC 古いバージョンのMOPACと同じ基準物理量の値を用います。
POLAR 分極率を計算します。
PRECISE 収束判定条件を 100 倍厳しくします。
SYMMETRY 対称性や等価条件を利用して構造を定義します。
UHF 非制限Hartree-Fock計算を実行します。
VECTORS 最終固有ベクトル（波動関数）を出力します。
XYZ XYZ座標系を用いて計算を行います。
Others その他のキーワードを記入します。
Default Keywords その他のキーワードを記入します。
　Load 　　保存してある設定を読み込みます。
　Save 　　設定を保存します。
　Reset 　　初期化します。
Set 設定します。
Cancel 設定を行わずに終了します。

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分子軌道表示 （Mopac MO Plot）

MOAPCによる計算結果にもとづいて分子軌道を図示します。

Mesh 分子軌道の等値面を格子で表現します。
Contour Map 分子軌道の等値面をソリッドモデルで表現します。　
透明 透明度を指定します。（0: 不透明、1: 透明）
Number of MO 表示する分子軌道の番号を指定します。 （HOMOとLUMOの番号が上部に表示されています。）
Iso. Level 描く確率電子密度の等値面の値を指定します。 （1/A^3）
Scale 描く範囲を指定するスケール・ファクター （デフォールト 1.5）
EnergyLevel エネルギー準位の図を表示します。
3D 3D Viewerを利用して表示します。
2D 分子表示ウィンドウ内で格子で表現します。
VRML VRMLで表示します。（VRMLビューワがインストールされている必要があります）
Quit このウィンドウを閉じます。
Jmol Jmol用のスクリプトを出力します。
   
　※　3D表示の際のメニューについては、3D Viewer を参照してください。
　※　3D表示の際のPreferenceについては、3D - Preferenceを参照してください。

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Energy Level Diagram

分子軌道のエネルギー準位を表示します。

a.u./eV 単位を切り替えます。
スライダー 原点位置を移動します。
  ／拡大率（描画範囲）を指定します。
Quit ウィンドウを閉じます。

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MOPAC Import Arc (Animation)

MOPACによるMinimum Energy Path（Reaction Coordinate）計算の結果を読み込んで、アニメーションを表示します。

Animation  
スライダー フレームを移動します。
Slow - Fast 速度を設定します。
3D anime  
Jpeg アニメーションを実行する際に一連のJPEGファイルを書き出します。
autorew 最後のフレームの次は最初のフレームに戻ってアニメーションを繰り返すモードに設定します。
3D 3D Viewerを起動して表示し、アニメーションの設定ウィンドウを表示します。
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
>|　（ | ） アニメーションの実行　（停止)
Quit Animation ウィンドウを閉じます。

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MOPAC Import IRC Out

MOPACによるIRC計算結果を読み込んで、アニメーションを表示します。

Animation  
スライダー フレームを移動します。
Slow - Fast 速度を設定します。
3D anime 3D Viewerを起動して表示します。
Jpeg アニメーションを実行する際に一連のJPEGファイルを書き出します。
autorew 最後のフレームの次は最初のフレームに戻ってアニメーションを繰り返すモードに設定します。
3D 3D Viewerを起動して表示し、アニメーションの設定ウィンドウを表示します。
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
>|　（ | ） アニメーションの実行　（停止)
Quit Animation ウィンドウを閉じます。

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MOPAC Import Force

MOPACによるForce計算結果を読み込んで、振動スペクトルを表示します。

IR Spectrum  
Quit IR Spectrum ウィンドウを閉じます。
Displ.F  
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
Y-Level 縦軸の縮尺を変更します。
単位 1/cm、eV、nmから単位を選択します。（1/cm以外は無効）
Anim. 選択された振動数（ピーク)に相当する振動のアニメーション表示を行います。
Vector 選択された振動数（ピーク)に相当する振動のベクトル表示を行います。
Scal.F. 系統的誤差を補正するためのスケーリング・ファクターを選択します。
Width 半値幅を設定します。
X-min 波数（波長）軸の表示する範囲を指定します。
X-max 波数（波長）軸の表示する範囲を指定します。
X-rev 波数（波長）軸を反転して表示します。
IR IRスペクトルを表示します。
Rev. 上下を反転して表示します。（吸収スペクトル)

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GAMESS Setup

GAMESSによる計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードのリストのデフォルトを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

$CONTRL  
　ICHARG 　　電荷を指定します。
　MULT 　　多重度を指定します。
　SCFTYP 　　SCF計算方法を指定します。
　RUNTYP 　　計算目的を選択します。
　COORD 　　分子構造データの形式を指定します。
　MAXIT 　　SCF計算の反復回数の上限を指定します。
　NZVAR 　　内部座標の数を指定します。
　EXETYP 　　実際に計算を行うかどうかの指定で、入力をチェックするときはCHECKを指定します。
　NOSYM 　　計算の際に対称性を利用するかどうかを指定します。
　NPRINT 　　出力の詳細度を指定します。
　LOCAL 　　軌道の局在化の方法を指定します。（デフォルト 0 = しない）
　DFTTYP 　　密度汎関数法の基底関数系を指定します。
　TDDFT 　　時間依存(time-dependent)DFT法を用いて励起状態のエネルギー計算を行うかどうかを指定します
　Others 　　その他のキーワードを記入します。
$ZMAT DLC=.T. AUTO=.T. $END NZVAR=3N-6  
&SYSTEM  
　TIMLIM 　　計算の制限時間 （デフォルト 600分）
　MWORDS 　　メモリー使用量 （デフォルト 1MW）
　Others 　　その他のキーワードを記入します。
$GUESS  
　GUESS 　　初期波動関数の求め方を指定します。
　Others 　　その他のキーワードを記入します。
$STATPT  
　NSTEP 　　構造最適化のステップ数の上限を指定します。（デフォルト 20）
　OPTTOL 　　エネルギー勾配の閾値を指定します。（デフォルト 0.0001 Hartree/Bohr）
　METHOD 　　構造最適化のアルゴリズムを指定します。
　HESS 　　Hessian 行列の求め方を指定します。
　Others 　　その他のキーワードを記入します。
$SCF  
　DIRSCF 　　ダイレクトSCF計算法を使用するかどうかを指定します。
　DAMP 　　Fock 行列の作成にDavidson damping.を利用します。
　CONV 　　SCF収束判定の際の密度変化の閾値を指定します。（デフォルト 1.0d-05）
　Others 　　その他のキーワードを記入します。
$BASIS  
　Basis Set 　　基底関数系を選択します。
　GBASIS 　　基底関数系の基本セットを選択します。
　NGAUSS 　　Gaussian関数の数を指定します。
　EXTFIL 　　外部ファイルから基底関数を読み込みます。
　NDFUNC 　　d-分極関数をいくつ加えるかを指定します。
　NFFUNC 　　ｆ-分極関数をいくつ加えるかを指定します。
　NPFUNC 　　p-分極関数をいくつ加えるかを指定します。
　DIFFSP 　　sp-diffuse関数を加えるかどうかを指定します。
　DIFFS 　　s-diffuse関数を加えるかどうかを指定します。
　Others 　　その他のキーワードを記入します。

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GAMMES Import

Animation

GAMMESによる計算結果にもとづいてアニメーションを図示します。

※　メニューについては、MOPAC IRC Out の項を参照してください。


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MO, Charge, Dipole（分子軌道と電荷などの表示）

GAMMESによる計算結果にもとづいて分子軌道と電荷などを図示します。

※　分子軌道の表示メニューについては、MOPAC MO Plot の項を参照してください。

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振動スペクトルの表示 （Hessian/Raman）

GAMMESによる計算結果にもとづいて振動スペクトルを図示します。

※　振動スペクトルの表示メニューについては、振動スペクトルの表示（IR/Raman/VCD Spectrum） の項を参照してください。


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Gaussian Setup

Gaussianによる計算を実行するためのデータファイルに記述されるキーワードのリストのデフォルトを設定します。
各項目を選択して指定し、[Set]ボタンをクリックします。

Link0  
　#nproc=n 　　プロセッサ数を指定します。
　#Chk=file 　　チェックポイントファイルを指定します。
　#Mem=n 　　動的メモリ量をワード単位で指定します。KB, MB, GB, KW, MB, GWの単位を指定することもできます。（デフォルト：6MW）
Comment コメントを記述します。
# ルートセクションの始まりを指定します。
　#N 　　標準レベルで出力を行います。（デフォルト）
　#P 　　詳細な出力を行います。各リンクの開始時と終了時における実行時間などや，SCFの収束に関する情報が出力されます。
　#T 　　重要な情報と結果のみを出力する簡潔な出力を指定します。
Hamiltonian 使用するハミルトニアンを指定します。
　hf 　　Hartree-Fock計算を行います。明示的に指定されない限り，一重項にはRHFを，それより高次の多重度ではUHFを用います。
　rhf 　　Restricted Hartree-Fock計算を行います。
　uhf 　　Unrestricted Hartree-Fock計算を行います。
　am1 　　AM1ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
　pm3 　　PM3ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
　pm3mm 　　HCON結合に関する分子力学補正が含まれたPM3ハミルトニアン を用いた半経験的計算を行います。
　b3lyp 　　Becke3汎関数にLYP非局所相関汎関数を組み合わせた密度汎関数法計算を行います。
　ub3lyp 　　
　mp2 　　Hartree-Fock計算の後に２次までのMoller-Plesset相関エネルギー補正を行います。
　ump2 　　
　mp4 　　Hartree-Fock計算の後に４次までのMoller-Plesset相関エネルギー補正を行います。
　ump4 　　
　cis 　　一電子励起CIを用いて励起状態を計算します。
　cisd 　　二電子励起CIを用いて励起状態を計算します。（CIDと同義）
　indo 　　INDOハミルトニアンを用いた半経験的計算を行います。
　cndo 　　CNDOハミルトニアンを用いた半経験的計算を行います。
　gvb 　　GVB(General Valence Bond; 一般化原子価結合)計算を行います。
　oniom 　　ONIOM計算を行います。
Basis 基底関数セットを指定します。
Pop 分子軌道の出力や電子密度解析及び原子の電荷分布などを制御します。
　none 　分子軌道を出力せず，電子密度解析も行いません。
　minimal 　原子の電荷と軌道エネルギーを出力します。
　regular 　占有軌道と仮想軌道を5つずつ出力します。密度行列とMulliken電子密度解析も出力します。
　full 　すべての占有軌道と仮想軌道を出力します。密度行列とMulliken電子密度解析も出力します。
Calc. Type EF (Eigen Vector Following)法による構造最適化計算を行います。
　opt 　　構造最適化を実行します。
　opt=z-matrix 　　内部座標で構造最適化を行います。
　opt=modredundant 　　 redundant内部座標の定義（探索や束縛情報を含む）を追加・削除・修正ます。構造指定の後に入力セクションが必要です。
　opt=(ts,noeigentest,calcfc) 　　遷移状態に対する最適化を行います。曲率のテストを行いません。初回に力の定数を計算します
　irc 　　反応経路を追跡します
　irc=(maxpoint=20,stepsize=20t,calcfc) 　　反応経路を追跡します。経路上の点の個数とステップサイズを指定します。初回に力の定数を計算します
MaxCyc=n 最適化ステップの最大数をnにします。
Charge 電荷の値を指定します。
Multi. 多重度を指定します。
Freq  
　freq 　　力の定数と振動数の計算を行います。
　freq=raman 　　IR強度に加えてラマン強度も計算します。
　freq=vcd 　　通常の振動数解析に加えて振動円二色性(VCD)強度を計算します
　freq=noraman 　　Hartree-Fock解析的振動数計算でラマン強度を求めません。
　freq=nraman 　　電場に関する解析的双極子導関数を数値的に微分することによって分極率導関数を求めます。
　freq=nnraman 　　核座標に関する解析的分極率を数値微分して分極率導関数を求めます。
Td  
　td 　　時間依存(time-dependent)Hartree-FockまたはDFT法を用いて励起状態のエネルギー計算を行います
　td=(nstates=n) 　　n個の状態に対して時間依存計算法を用いて励起状態のエネルギーを求めます。（デフォルト 3）
gfinput 基底関数系を入力フォーマットと同様な形式で出力します。
gfprint 基底関数系を表形式で出力します。
nosym 座標の再配向を行わず，Z-matrix 配向ですべての計算を実行します。
guess=read チェックポイントファイルから初期波動関数を読み込みます
geom=check 分子指定セクションをチェックポイントファイルから取り出します。
Others その他のキーワードを記入します。

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Gaussian Import

Animation

Gaussianによる計算結果にもとづいてアニメーションを図示します。

※　メニューについては、MOPAC IRC Out の項を参照してください。

Opt

Gaussianによる計算結果にもとづいて最適化構造を図示します。

※　メニューについては、MOPAC IRC Out の項を参照してください。

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MO, UV, Charge, Dipole（分子軌道と紫外・可視スペクトル及び電荷などの表示）

Gaussianによる計算結果にもとづいて分子軌道と紫外・可視スペクトル及び電荷などを図示します。

※　分子軌道の表示メニューについては、MOPAC MO Plot の項を参照してください。

※　紫外・可視スペクトルの表示メニューについては、UV-VISスペクトル表示 の項を参照してください。

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振動スペクトルの表示 （IR/Raman/VCD Spectrum）

Gaussianによる計算結果にもとづいて振動スペクトルを図示します。

IR/Raman Spectrum  
Quit IR/Raman Spectrum ウィンドウを閉じます。
Displ.F  
Excel CSVファイルを出力し、Excelを起動して読み込みます。
Y-Level 縦軸の縮尺を変更します。
単位 1/cm、eV、nmから単位を選択します。（1/cm以外は無効）
Raman Raman Activity / Depolar (P) / Depolar (U) を選択します。
Anim. 選択された振動数（ピーク)に相当する振動のアニメーション表示を行います。
Vector 選択された振動数（ピーク)に相当する振動のベクトル表示を行います。
Scal.F. 系統的誤差を補正するためのスケーリング・ファクターを適用します。
Width 半値幅を設定します。
X-min 波数（波長）軸の表示する範囲を指定します。
X-max 波数（波長）軸の表示する範囲を指定します。
X-rev 波数（波長）軸を反転して表示します。
IR IRスペクトルを表示します。
Rev. 上下を反転して表示します。（吸収スペクトル)

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Import Fchk （Cubegen）

G03WユーティリティのCubegenを起動し、.fchファイルを読込んでCubeファイルを作成します。

Mesh 分子軌道の等値面を格子で表現します。
Contour Map 分子軌道の等値面をソリッドモデルで表現します。　
透明 透明度を指定します。（0: 不透明、1: 透明）
Property  
　/ MO 　分子軌道
　/ Density 　電子密度
　/ ESP 　スピン密度
　/ Spin 　スピン密度（α - β）
　/ Alpha 　αスピン密度
　/ Beta 　βスピン密度
　/ Current Density  
　/ Shielding Density  
Type Density　キーワードのオプションを指定します。 （HF, MP2, CI, QCI）
Number of MO 対象とするする分子軌道の番号を指定します。 （HOMOの番号が上部に表示されています。）
Points 一辺あたりの格子点数を指定します。
Cube Cubeファイルを出力します。
Quit このウィンドウを閉じます。

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Import Cube （Gaussian Cube Plot）

Cubeファイルを読込んで図示します。

File 「ファイルを開く」ダイアログを表示し、cubeファイルを読み込みます。（上側の欄の「参照」と同じ。）
Mesh 分子軌道の等値面を格子で表現します。
Contour Map 分子軌道の等値面をソリッドモデルで表現します。　
透明 透明度を指定します。（0: 不透明、1: 透明）
ABS  
参照 「ファイルを開く」ダイアログを表示し、cubeファイルを読み込みます。
Map  
　/ 参照 　「ファイルを開く」ダイアログを表示し、マッピングに用いる２番目のcubeファイルを読み込みます。
　/ map 　上の欄のデータに下の欄のデータをマッピングします。（例　DensityにESPをマッピングする）
　/ subtract 　２つのcubeファイルのデータの差を対象とします。
　/ sub 2 　２つのcubeファイルのデータの自乗の差を対象とします。
　/ add 　２つのcubeファイルの和を対象とします。
Iso. Level 描く確率電子密度の等値面の値を指定します。 （1/A^3）
Scale 描く範囲を指定するスケール・ファクター （デフォールト 1.5）
3D 3D Viewerを利用して表示します。
Cube Mapで対象としたcubeファイルの演算結果を出力し表示の対象とします。
VRML VRMLで表示します。（VRMLビューワがインストールされている必要があります）
Quit このウィンドウを閉じます。
Cubegen Cubegenを起動し、.fchファイルを読込んでCubeファイルを作成します。（Import Fchkメニューに同じ）
   
　※　3D表示の際のメニューについては、3D Viewer を参照してください。
　※　3D表示の際のPreferenceについては、3D - Preferenceを参照してください。

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UNIX Server

Submit Job

UNIXサーバ上のGaussinaプログラムによる計算ジョブを実行するための設定をします。

Profile

登録されているプロフィールから設定を選択します。
　New 　新しいプロフィールを開きます。
　Copy 　Profile欄に表示されているプロフィールをコピーします。
　Rename 　プロフィールの名前を変更します。OKをクリックすると確定します。
　Delete 　Profile欄に表示されているプロフィールを削除します。
   
   
Quit このウィンドウを閉じます。

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CNDO/S Setup

CNDO/S法による計算を実行するための設定を行います。

タイトル 化合物名などを記入します。
計算方法等  
Method 計算方法を指定します。　（CNDO　または　INDO）
Multiplicity 一重項（または三重項）励起状態の計算を指定します。　　SINGLET　（TRIPLET）
Basis 基底関数を指定します。（SP　または　SPD）
BONDS 結合次数を出力することを指定します
NOINTER 原子間距離を出力しません。
SHORT 出力の簡略化を指定します。
OUTMO MOLMOL2用のファィルを出力します。
Repul.Integ. 反発積分の式を指定します。　　1: Pariser　2: 大野　3: 西本−又賀　4: 理論式
Nuc.Repul. 核間反発エネルギーの式を指定します。　　1: Za * Zb / 1　　2: Za * Zb * γab
PKAPPA p電子に対するΚの値を指定します 。　デフォルト値　 0.585
DKAPPA d電子に対するΚの値を指定します。　デフォルト値　 0.3
CHARGE 電荷
CI 励起状態のCI 計算に含める状態の数を指定します。　（上限 500）
No. of Excited 結合次数を出力する励起状態の数を指定します。
Set 設定します。
Cancel 設定を行わずに終了します。
原子種、座標 Winmostarが自動的に生成します。

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UV-VIS スペクトル表示

Gaussian、CNDO/S及びMOSFによる計算結果にもとづいて紫外・可視スペクトルの吸収位置、強度の理論値を図示します。

File  
　Open 　CNDO/SまたはMOSFによる出力ファイルを読み込みます。　
　Exit 　ウィンドウを閉じます。
Quit 　ウィンドウを閉じます。
Xmax 　表示する波長の上限 （nm）
Xmin 　表示する波長の下限 （nm）
Ymax 　縦軸（振動子強度）の上限
Peaks 　指定した数のピークについて波長と振動子強度の値を図の中に記入します。（長波長側から）
Clipboard 　スペクトルの図をクリップボードに取り込みます。
   
※　Xmax、Xmin、Ymax、Peaksの指定は、　ウィンドウサイズを変更した際に反映されます。

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その他

PIO

Gaussian及びGAMESSによるPIO (paired interacting orbitals) analysis計算 の設定と実行を行います。

Set フラグメントを指定します。Aをクリックして選択した後Bをクリックし、[Set]ボタンをクリックします。
Reset フラグメントの設定を解除します。
Save 合体系A-Bおよび孤立系A、B用のデータファイルを出力し保存します。
Edit データファイルを編集します。
GenG バッチ・ファイルを作成します。
Gauss / GAMESS

GaussianまたはGAMESSによる計算 を実行します。
GenP PIO用のデータファイルを作成します。
PIO PIO計算を実行します。
ISPC 　指定した数のピークについて波長と振動子強度の値を図の中に記入します。（長波長側から）
　= 0 　A, B 両フラグメントの全分子軌道を使って PIO をつくります。
　= 1 　A, B 両フラグメントの被占分子軌道のみを使ってPIO をつくります。
　両フラグメント間に働く重なり反発(overlap repulsion, closed-shell repulsion)を表現します。
　= 2 　Aの被占分子軌道とBの空分子軌道のみを使って PIO をつくります。
　AからBへの電子の非局在化(electron delocalization)を表現します。
　= 3 　Aの空分子軌道とBの被占分子軌道のみを使って PIO をつくります。
　BからAへの電子の非局在化(electron delocalization)を表現します。
Edit PIOによる出力ファイルを編集します。
MO 分子軌道を表示するためのコマンド・ウィンドウを開きます。
Quit このウィンドウを閉じます。

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MO Plot（分子軌道の表示）

PIOによる計算結果にもとづいて分子軌道を図示します。（PIO法については、PIO研究会 のページを参照してください。）

※　「MO PLot」ウィンドウメニューについては、MOPAC MO Plot の項を参照してください。


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