| ［ファイル］ |
|
| ［新規］ |
画面を初期化します。 |
| ［開く］ |
ファイルから分子を読込みます。 |
| ［Import］ |
計算結果ファイルから構造や特性値を読み込みます。計算メニューにあるものと同じです。 |
| /［Mopac］ |
Arc
MO Graph
IRC(out)
Force
|
| /［GAMESS］ |
Animation
MO
Hessian, Raman |
| /［Gaussian］ |
Animation
Opt
MO, UV
Freq
Fchk(Cubegen)
Cube
|
| ［上書き保存］ |
編集中の分子を保存します。 |
| ［名前を付けて保存］ |
ファイル名ボックスに、新しい名前を入力して保存します。 |
| ［分子の重ね合わせ］ |
分子を重ね合わせます。 |
| /［追加］ |
事前にクリックして指定した３点で決まる平面で分子を重ねます。１点目を原点に置き、２点目をＸ軸上に置き、３点目をＸＹ平面上に置きます。［追加］によって、Superimpose画面が表示された重ね表示モードになります。
２個目の分子を読込むには、Superimpose画面の[Quit]で終了してから、同様な操作を繰り返します。 |
|
重ね表示中は分子の編集はできません。Z-shiftで重ね面をずらしたり、Circleで青丸表示することで重ね分子を確認できます。
[Del]は、青丸で表示された分子を削除します。 |
|
重ね表示モードを終了すると、通常の一分子表示モードに戻ります。ファイルから分子を読込んだ時も一分子表示モードに戻ります。
重ねる分子を追加する時は、一分子表示モードから追加します。
重ね表示モードの[３Ｄ]ボタンで、３Ｄ表示の重ね合わせ画面が立ち上がります。 |
| /［重ね表示］ |
一分子表示モードから重ね表示モードに変わります。 |
| ［エディタ起動］ |
表示分子の元のファイルをエディタで開きます。 |
| ［XYZ形式で保存］ |
MOPAC形式の保存時にXYZ形式で保存します。 |
| ［マイプロファイル(P)］ |
|
| /［Load］ |
保存してあるプロファイルをロードして適用します。 |
| /［Save］ |
プロファイルを保存します。 |
| /［Default］ |
デフォルトのプロファイルを適用します。 |
| ［GEMS形式］ |
|
| ［終了］ |
Winmostarを終了します。 |
| ［編集］ |
|
|
分子の編集は、多くの場合、選択原子（太線の赤丸で表示）と前選択原子（細線の赤丸で表示）に対して行う操作が基本になります。選択原子は、分子表示画面上の原子をクリックするか、Z-Matrix表示画面上の行をクリックすることで変更できます。前選択原子とは一つ前の段階の選択原子です。 |
|
例えば、原子を削除するには、まず削除したい原子をクリックして選択しておき、プルダウンメニューの編集(E)/原子削除（または[Del]ボタン）で行います。 |
|
部分移動・回転・削除は、選択原子に結合している（前選択原子を除く）原子グループをまとめて操作します。 |
|
原子間距離が共有結合半径の和*1.15（デフォルト値）より小さい場合に結合を表示します。二重結合等の区別はありません。部分移動・回転・削除をするために結合を変更したい場合は、［結合付加］と［結合削除］で変更できます。 |
|
原子追加、原子移動、部分回転等の操作を途中でキャンセルするには、プルダウンメニューのチェックをはずすかEscキーを押します。 |
|
［部品置換］は下の方法でもできますが、原子を右クリックすることでも部品ｳｨﾝﾄﾞｳの部品で置換されます。 |
|
［原子削除］は、Shiftキー+マウス右クリックでも同様な操作になります。 |
|
|
| ［元に戻す］ |
分子の編集操作を元に戻します。20回までできます。 |
| ［やり直し］ |
元に戻した操作をやり直します。20回までできます。
|
| ［直接編集］ |
座標データをエディタで直接編集します。 |
| ［回転方法］ |
|
| /［自由回転］ |
ドラッグすると画面内の軸のまわりで分子が回転する |
| /［X軸回転］ |
上下にドラッグするとX軸のまわりで分子が回転する |
| /［Y軸回転］ |
左右にドラッグするとY軸のまわりで分子が回転する |
| /［Z軸回転)］ |
上下または左右にドラッグするとZ軸のまわりで分子が回転する |
| ［原子追加］ F4 |
原子を追加します。[Add]ボタンと同じです。 |
| ［原子移動］ F5 |
マウスをドラッグすることにより選択した原子を移動します。 |
| ［原子削除］ Shift+F4 |
選択した原子を削除します。[Del]ボタンと同じです。 |
| ［元素変更］ Shift+F5 |
選択した原子の元素名を変更します。[Chng]ボタンと同じです。 |
| ［水素付加］ |
水素を付加します。 |
| /［全原子］ |
全原子に水素を自動的に付加します。 |
| /［１原子］ |
選択原子に水素を自動的に付加します。 |
| /［１原子(H1)］ |
選択原子に水素を1個付加します。 |
| /［１原子(H2)］ |
選択原子に水素を2個付加します。 |
| /［１原子(H3)］ |
選択原子に水素を3個付加します。 |
| ［水素削除］ |
水素を削除します。 |
| ［部品置換］ F6 |
選択した原子を部品コンボボックスの現在の部品で置換します。。"-CHCH-"と"-CH-"は多環構造を作る為の部品で、前選択原子側に炭素原子が近づく構造になります。
[Rep]ボタンと同じです。原子を右クリックすることでも置換されます |
| ［部分回転］ |
前選択原子と選択原子を通る軸の周りで、選択原子側の原子グループを回転します。２つの選択原子の前に、さらに２つの原子を選択しておくと、回転軸周りの二面角が表示されます。 |
| ［結合角変更］ |
前選択原子を中心に結合角を変更します。選択原子側の原子グループが画面上の平面で回転するので、分子を回転してから行うと、いろいろな変形ができます。 |
| ［部分移動］ |
選択側の原子グループを移動します。 |
| ［部分削除］ |
選択側の原子グループを削除します。 |
| ［部分自由回転］ |
選択側の原子グループを自由回転します。 |
| ［結合付加］ F7 |
前選択原子と選択原子の間に結合を追加します。 |
| ［結合削除］ F8 |
前選択原子と選択原子の間の結合を削除します。 |
| ［環構築］ F9 |
選択した末端二原子間で環を作ります。多環用部品の"-CHCH-"や"-CH-"を自動的に付加します。 |
| ［番号交換］ |
選択原子と前選択原子の番号を交換します。 |
| ［原子の並び替え］ |
水素原子が後ろに来るように、原子を並び替えます。 |
| ［部品登録］ |
編集中の分子を部品として登録します。結合させる末端原子を選択しておく必要があります。 |
| ［部品削除］ |
現在の部品の登録を削除します。 |
| ［移動］ |
分子を上下左右に移動します。 |
| ［原点復帰］ |
原点を画面の中心に戻します。 |
| ［重心原点］ |
指定すると、常に重心を原点に調整します。 |
| ［原点設定］ |
選択した原子を原点に設定します。［重心原点］にチェックがある時は動作しません。 |
| ［初期配向］ |
|
| /［配向］ |
初期配向に戻します。 |
| /［再設定］ |
現在の配向を初期配向に設定します。 |
| /［再設定（３点）］ |
事前にクリックして指定した３点で決まる平面を、初期配向に設定します。［重心原点］のチェックがない時は、１点目が原点になります。 |
| ［Z-Matrix］ |
|
| /［原子追加(E)］ |
元素ウィンドウの原子を追加します。原子を置きたい所をクリックした後、結合関係を示す３原子をクリックします。 |
| /［ダミー原子追加］ |
ダミー原子を追加します。 |
| /［２面角変更］ |
Z-Matrixの２面角を変更します。 |
| /［結合関係変更］ |
Z-Matrixの結合関係を変更します。 |
| /［原子移動(Z-Mat)］ |
１原子を移動することで、Z-Matrixの結合関係にある原子も移動します。 |
| /［Z-Matrix再生成］ |
Z-Matrixを再生成します。結合関係も再生成されます。 |
| ［クリーン］ |
簡易分子力場法で構造最適化を行います。 |
| ［その他］ |
|
| /［結合再生成］ |
全原子の結合を再生成してから再描画します。 |
| /［結合関係保持］ |
チェックされている場合は、分子編集時に結合関係が変わらないようにします。 |
| /［XYZ座標保持］ |
チェックされている場合は、結合関係を変えてもXYZ座標位置が変わらないように結合長・結合角等が自動的に修正されます。 |
| /［座標反転］ |
座標を反転し、鏡像体に変換します。 |
| /［鏡像体生成］ |
鏡像体を生成します。 |
| ［クリップボードに貼り付け］ |
分子表示画面をクリップボードに貼り付けます。 |
| ［表示］ |
|
| ［最大化］ |
ウィンドウを最大化します。もう一度選択すると元に戻ります。 |
| ［全表示］ |
分子表示画面のみをウィンドウ全体に広げます。もう一度選択すると元に戻ります。 |
| ［標準色］ |
配色を、Winmostar、GaussView、JMol、Rasmol、旧Winmostarモードから選択します。 |
| ［色変更］ |
|
| /［原子］ |
選択している原子種の色を変更します。 |
| /［背景］ |
背景の色を変更します。 |
| /［結合］ |
結合の色を変更します。 |
| /［文字］ |
分子表示画面の文字の色を変更します。 |
| ［表示選択］ |
表示のオン・オフを設定します。 |
| /［メッシュ］ |
グリッドを表示します。 |
| /［スライダー］ |
ズーム・スライダーを表示します。 |
| /［番号］ |
番号と元素名を表示します。 |
| /［全原子］ |
ダミー原子等も表示します。 |
| /［分子情報］ |
分子に関する情報をウィンドウ内に表示します。 |
| /［選択原子マーカー］ |
選択原子を赤丸のマークで表示します。 |
| /［座標軸］ |
座標軸を表示します。 |
| /［多重結合］ |
多重結合を表示します。 |
| ［棒球表示］ |
棒球モデルの表示形式を、Slim、Defaultから選択します。 |
| ［拡大・縮小］ |
拡大または縮小表示します。 |
| ［空間充填モデル］ |
空間充填モデルを表示します。 |
| ［遠近法］ |
遠近法を使って表示します。 |
| ［3D］ |
別ウィンドウで3D表示します。 |
| ［VRML］ |
VRMLで表示します。（VRMLビューワがインストールされている必要があります） |
| ［SIM VRMLView］ |
SIM社のVRMLビューワのダウンロードページを表示します。 |
| ［Cosmo Player］ |
Cosmo Playerのダウンロードページを表示します。 |
| ［Facio］ |
Facioを起動します。 |
| ［Facio Path］ |
Facioプログラムファイルのパスを指定します。 |
| ［Facio Homepage］ |
Facioのダウンロードページを表示します。 |
| ［Mercury］ |
Mercuryを起動します。読込み中のファイルの拡張子がCIFの時はCIFファイルを読込みます。 |
| ［Mercury Path］ |
Mercuryプログラムファイルのパスを指定します。 |
| ［CCDC(Mercury)HP］ |
ケンブリッジ結晶データセンターのMercuryのダウンロードページを表示します。 |
| ［ChemscapeChime］ |
ChemscapeChimeがインストールされている場合、新しいウィンドウでChemscapeChimeを起動します。 |
| ［Chimeマニュアルページ］ |
ChemscapeChimeのマニュアルページを表示します。 |
| ［Chimeダウンロードページ］ |
ChemscapeChimeのダウンロードページを表示します。 |
| ［光線追跡法(povray)］ |
PovRayがインストールされている場合、レイトレーシング法で表示します。 |
| ［Povrayのパス］ |
PovRayプログラムファイルのパスを指定します。 |
| ［Povrayのパラメータ］ |
PovRayのパラメータを指定します。 |
| ［Povrayのホームページ］ |
PovRayのダウンロードページを表示します。 |
| ［画像固定］ |
ウィンドウ右上の画像が切り変わらないようにします。 |
| ［計算］ |
|
|
Winmostarに添付されているのはMOPAC6、MOPAC7とCNDO/Sです。他のプログラムは、それぞれのホームページからダウンロードしたり登録したりすることが必要になります。 |
|
MOPAC93： 現在入手不可 |
|
GAMESS
： WinGAMESSとPC-GAMESSに対応しています。 |
|
MOLEKEL |
|
MOSF V1： 現在入手不可 |
|
|
| ［MOPACキーワード］ |
|
| /［Setup] |
MOPACのキーワードを設定するウィンドウを表示します。 |
| /［Import] |
保存済みのMOPAC形式データから、キーワード部分をインポートします。 |
| ［(1)MOPAC6W70 start］ |
現在の分子構造・キーワードでMOPAC6入力ファイルを生成し計算を実行します。計算後は自動的に「パスの設定」−「エディター」で指定したエディタで出力ファイルが開かれます。 |
| ［(2)MOPAC7W70 start］ |
MOPAC7入力ファイルを生成し計算を実行します。または、[パスの設定] − [(2)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
| ［(3)MOPAC2000スタート］ |
MOPAC2000入力ファイルを生成、計算をさせます。(無い場合は無効になります)
または、[パスの設定] − [(3)MOPACのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
| ［エディット out］ |
MOPACの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。 |
| ［エディット arc］ |
MOPACの出力要約ファイル(.arc)を指定エディタで開きます。 |
| ［分子軌道表示］ |
計算でグラフィック用出力を指定したとき(キーワードgraph)、その出力を読み込んで分子軌道を表示します。3D表示も可能です。 |
| ［Import］ |
|
| /［Arc］ |
MEP計算の構造出力を読み込んで、連続表示を行います。 |
| /［IRC(out)］ |
IRC計算の構造出力を読み込んで、連続表示を行います。 |
| /［Force］ |
振動解析結果を読み込んで、赤外線吸収スペクトル表示と振動の表示を行います。 |
| ［GAMESSキーワード］ |
キーワード欄をGAMESS用パラメータに差し替えます。 |
| /［Setup] |
GAMESSのキーワードを設定するウィンドウを表示します。 |
| /［Import] |
保存済みのGAMESS形式データから、キーワード部分をインポートします。 |
| ［GAMESSスタート］ |
現在の分子構造・キーワードでGAMESS入力ファイルを生成し計算を実行します。
外部基底関数ファイルを使用するには($BASIS EXTFIL=.T.)、basis.libをGAMESSのEXEファイルと同じディレクトリに置きます。WinGAMESSの場合は、runscript.cshの中でsetenv
EXTBAS ../basis.libと指定します。 |
| ［Start GAMESS(2)］ |
[パスの設定] − [(2)GAMESSのパス]で指定したプログラムを起動します。 |
| ［Edit out(log)］ |
GAMESSの標準出力ファイル(.out)を指定エディタで開きます。 |
| ［Import］ |
|
| /［Animation］ |
GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。 |
| /［MO］ |
GAMESSの標準出力ファイル(.out)を読み込んで、構造と分子軌道を表示します。基底関数は、STO-3G,3-21G(*),6-31(+)G(*),6-31G(d,p)に限定されています。3D表示も可能です。 |
| /［Hessian,Raman］ |
振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトル表示と、振動の表示ができます。 |
| ［GAMESSのホームページ］ |
|
| ［Gaussianパラメータ］ |
|
| /［Setup] |
Gaussianのパラメータを設定するウィンドウを表示します。 |
| /［Import] |
保存済みのGaussian形式データから、パラメータ部分をインポートします。 |
| ［Gaussianスタート］ |
現在の分子構造・キーワードでGaussian入力ファイルを生成し計算を実行します。 |
| ［Edit log(out)］ |
Gaussianの出力ファイルを指定エディタで開きます。 |
| ［Import］ |
|
| /［Animation］ |
Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化過程の座標変化を表示します。 |
| /［Opt］ |
Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、最適化構造を表示します。 |
| /［MO, UV］ |
Gaussianの出力ファイル(.out)を読み込んで、構造と分子軌道を表示します。基底関数は、STO-3G,3-21G(*),6-31(+)G(*)に限定されています。3D表示も可能です。 |
| /［Freq］ |
振動解析結果を読み込んで、赤外・ラマン吸収スペクトル表示と、振動の表示ができます。 |
| ［FormChk］ |
G03WユーティリティのFormchkを起動します。 |
| ［Import Fchk（CubeGen)］ |
G03WユーティリティのCubegenを起動し、作成されたCubeファイルを表示します。 |
| ［Import Cube］ |
Cube形式ファイルを読込んで表示します。3D表示も可能です。GAMESSのpunファイルの場合は、Cubeファイルに変換します。 |
| ［UNUX Server］ |
rsh ,ftpによるLinux(UNIX)マシンのリモートジョブ制御を行います。Gaussian98/03の実行・制御が可能で、LSFにも対応しています。 |
| ［CNDO/S パラメータをセット］ |
|
| /［Default］ |
キーワード欄をCNDO/S用パラメータに差し替えます。 |
| /［Import］ |
CNDO/S形式ファイルを読み込んで、キーワード部分をインポートします。 |
| ［CNDO/Sスタート］ |
CNDO/S計算を実行します。 |
| |
日本コンピュータ化学会に登録されている旧JCPEの
P083(CNDO/S：紫外・可視吸収スペクトル計算）（
マニュアル）です。
二つのプログラムを一つにして、Winmostarから起動できるように修正を行い、Cygwinのg77でコンパイルしてcndosw.exeを作成しました。
ソースプログラム(cndosw.f)もWinmostarのインストールディレクトリに同梱されています。 |
| ［UV-VISｽﾍﾟｸﾄﾙ表示］ |
CNDO/S計算結果から紫外・可視スペクトルを表示します。 |
| ［Edit CNDO/S OutFile] |
CNDO/S出力ファイルをエディタで開きます。 |
| ［MOLEKELスタート］ |
MOLEKELを起動します。 |
| ［MOLEKELのホームページ］ |
MOLEKELのダウンロードページを表示します。 |
| ［MOSF］ |
|
| /［MOSFパラメータをセット］ |
キーワード欄をMOSF用パラメータに差し替えます。 |
| /［MOSFスタート］ |
MOSF計算を実行します。 |
| /［エディットMOSFファイル］ |
MOSF出力ファイルを指定エディタで開きます。 |
| ［UV-VISスペクトル］ |
MOSF出力から紫外・可視スペクトルを表示します。 |
| ［パスの設定］ |
それぞれのプログラムの実行ファイルのパスを指定します。 |
| /［(1)MOPACのパス］ |
|
| /［(2)MOPACのパス］ |
|
| /［(3)MOPACのパス］ |
|
| /［(1)GAMESSのパス］ |
|
| /［(2)GAMESSのパス］ |
|
| /［Gaussianのパス］ |
|
| /［MOSFのパス］ |
|
| /［MOLKELのパス］ |
|
| /［エディタ］ |
|